Para el caso de Fondos Públicos que recibe la Corporación a través del FODES, los Entes Contralores pueden ser:

• Corte de Cuentas de la República
• Ministerio de Hacienda / Dirección de Contabilidad Gubernamental
• Firmas de Auditoria Externa autorizadas por la Corte de Cuentas de la República

Para el caso de otros Fondos, los Entes Contralores pueden ser:

• Firmas de Auditoria Externa debidamente autorizadas

La Unidad de Auditoria Interna de la Corporación, verifica y evalúa la ejecución de todos los fondos administrados, con el propósito de fortalecer los diferentes procesos.