Para el caso de los Fondos a los que se refiere la ley FODES, en su artículo 4
literal c), los entes contralores son:

a..Corte de Cuentas de la República
b..Ministerio de Hacienda / Dirección de Contabilidad Gubernamental
c..Firmas de Auditoria Externa autorizadas por la Corte de Cuentas de la
República

Informe de la Corte de Cuentas 2007.

Para el caso de otros Fondos, los Entes Contralores son:

a..Firmas de Auditoria Externa debidamente autorizadas

En el caso de la cooperación internacional, los organismos también
dan seguimiento a los proyectos.

La Unidad de Auditoria Interna de la Corporación, verifica y evalúa la ejecución de todos los fondos administrados, con el propósito de fortalecer los diferentes procesos.